Hola compañero, en los modelos gasolina no te sabría decir como fue la evolución, pero en los diesel, a partir del restyling de mediados/finales de 2003 la caja ya era ZF.
Si miras en la página 63 del manual de la versión 3.0i 2004 que está en este enlace verás que sale una foto de la palanca de cambio con 6 velocidades (
http://wedophones.com/Manuals/BMW/2004 X5 3-0i Owner's Manual.pdf). Es el manual americano, pero no creo que hicieran versiones diferentes para USA y para EU.
En cuanto a los problemas de las cajas GM están bastante acotados a los motores diesel. Por lo que he leido se trata de un problema de Nm, la caja aguanta hasta un valor de Nm, y el motor diesel se acerca mucho a ese valor, mientras que el gasolina por la forma de entregar la potencia no se acerca tanto. Perdona que me haya explicado tan mal, pero no doy más de si...
Saludos.