No te puedo decir a ciencia cierta pero según lo que he leido por los foros de e46fanatics o m3, es que primero, es el peso, que son unos 140kg más que el coupé.
Segundo, depende del clima pero creo que aquí en España se puede circular el 70% del año con la capota bajada, en invierno según dicen hace más frío que en un coupé; el sonido del aire es más agudo que en el coupé si no tienes techo rígido.
Te voy a traducir una cosa que he visto en e46 fanatics acerca de coupé vs convertible que puedes hacer si vas a comprar uno:
1. Lo normal sería ir a un concesionario y mirar el M3 y el M3 cabrio (pero como no suele ser posible), si no, busca un sitio de ocasión donde tengan ambos modelos y si no, pues a tirar de google imagenes
. Si prefieres el cabrio porque te gusta más, ve al paso 2.
2. Conduce ambos. En el cabrio, con capota y sin ella. Toma algunas curvas agresivas y pega un acelerón desde 0. Ten en cuenta la diferencia de sonido del motor entre el cabrio con capota bajada y el coupé con el techo solar abierto.
También intenta probar conducir ambos en carreteras irregulares. Si te encanta el sonido del motor, la sensación de ir descubierto y demás y no notas diferencia entre el rendimiento y la rigidez, ve al paso 3.
3. Llama a gente que conozcas que posean un M3. Pregúntales qué piensan. Seguramente te digas que el cabrio es 0.4 segundos más lento del 0-100km/h, que pesa unos 180kg más y que el cabrio es para maricas. Entonces, busca en m3forum la cuestión de m3 coupe vs m3 cabrio. Después de oir a tus amigos con M3 coupé (aunque muchso de ellos ni siquiera lo lleven a circuito), leyendo todos los pros y contras que encuentres por los foros - sobre todo en m3forum- y si aún así, cada vez que contemplas el M3 cabrio piensas: "j*der, me ENCANTA ESTE COCHE", cómprate el cabrio.
SIN EMBARGO, a pesar de todo ello, si eres muy débil, te preocupas por el "qué dirán" y dejas que sus opiniones influyan demasiado en tí, entonces cómprate el coupé. La vida te será más fácil.
Bonito, eh?
Si te gusta más cómo es el cabrio, si encima dices que lo encuentras más barato y prefieres la estética del cabrio ante una ligera desventaja en rendimiento-sensaciones deportivas con respecto al coupé, no hace falta decir más.
EDITO:
http://www.bmwfaq.com/threads/m3-e46-cabrio-vs-coupe.384560/ aquí tienes un hilo