En frio es fallo comun que en ocasiones salte, pero siendo en baden, lo que te dice reihe de posibles tacos o algo asi.
En el 328i que tuvimos no recuerdo que saltase nunca. En el 323i que tengo ahora, cuando lo compré me saltaba la segunda un par de veces al mes tal vez. Y era por no empujarla lo suficiente. No me consta que coincidiese con baches ni nada parecido. Intuyo que el anterior propietario no era nada fino con el manejo del cambio (era ya bastante mayor). Con el paso de los kms el problema fue desapareciendo y ya no recuerdo cuándo fue la última vez que saltó. Compré el coche con 101.000 kms y ahora tiene 209.000. También recuerdo que al 323ti del compañero @basuvi le saltaba a veces la segunda. No sé si logró solucionarlo.
Cambia los tacos de caja de cambios estarán para tirar y revisa los de motor , también la valvulina del cambio le iría bien .