A ver, al cambiar el turbo NO tienes que reprogramar nada. Garrett vende el turbo nuevo y no "obliga" a reprogramar nada al instalarlo aún con la gestión electrónica original del coche, pero si incluye un "llamamiento" de BMW, la cual SI aconseja esta actualización del software, pero comenta que "no es urgente".
El turbo nuevo lleva un muelle distinto en la geometría variable, que le hace no cargar tanta presión desde abajo. Eso mas el mayor engrase ya le hacen ser mas fiable, pero lo que hace la casa es curarse en salud empobreciendo la respuesta en bajas y haciendo la entrada -a cualquier régimen- del turbo de forma progresiva, donde con la programación original es inmediata. Con el turbo nuevo y la programación suave no hay documentadas roturas, digamos que es lo mejor cara a la fiabilidad, aunque ciertamente el coche pierde bastante nervio.
En tu caso, yo dejaría el coche estar como está. Yo pude hacerlo así y un mal día me decidí a llevarlo a reprogramar, pues me aseguraban que "no se notaba tanto", y vaya si se nota. Procura, eso si, no pisarle al coche a fondo hasta que no vayas por encima de las 2500 vueltas, ni en frío, dejarlo enfriar tras viajar por carretera o darle caña, etc... y ese turbo durará lo que haga falta.
EDITO: En el hilo de las quejas de los turbos veo que te quisieron cambiar la bomba de aceite. Ya he comentado ahí lo que me parece pero lo reproduzco aquí... Me parece que si no da fallo en el check de baja presión, huele muy mal que quieran cambiarte la bomba. Vale que el problema venía por falta de engrase, pero si la bomba de aceite da presión correcta para todos los elementos del motor salvo el turbo, dudo que cambiando la bomba la cosa se solucione por ahí, porque entonces habrían cambiado MUCHAS bombas de aceite, y creo que eres el único caso al que tal cosa le recomendaban.