no pasa nada por que el motor contenga una caja de 6v,como te ha dicho un forero,el motor no es el que contiene las marchas si no la caja de cambios,sobre si vale una caja de 5v perfectamente,y sin problemas ninguno,lo mas seguro tengas que cambiar el rodamiento del eje central que es donde sienta la caja de cambio....
yo en mi 320td cambien el motor y le puse uno de 6v pero son la caja que yo tenia la de 5v con embrages nuevos,lo que si tendras es que modificar alugun maquito que contenga ese motor por los del motor que has averiado,por que no seran mismo,y mas el que va a la egr y la bomba del agua esos fijo tendras que poner el de motor anteor y lo mas seguro tengas que modificar la carcasa que va situado a la bomba de agua,todo esto lo tube que hacer yo que no es nada pero hay que ir mirando por lo demas todo entra a la perfecion.....