Yo diría que lo peor que puede pasar es que las reseteen... asi que no problemo, se vuelven a cargar y listo.
Lo que sí puede pasar es que en el conce te metan unos firmwares más nuevos y tú trabajes con los antiguos. Ahí si la puedes liar pero actualizándote tú también a lo nuevo se arregla.
Si no me equivoco, es el problema que está pasando con algunos cuadros que dejan de funcionar todas las agujas a excepción de la de velocidad...
Otra cosa es que te pongas a cambiar el VO a lo loco y el coche piense que llevas unos módulos cuando no es así. Ahí si que la lías... O lo contrario, que añadas módulos sin actualizar tu VO
Todo esto son hipótesis mías... no tengo fuentes fidedignas en las que basarme.