Las diferencias son en base precio, ruido, capacidad y rendimiento.
-Te recomendaria el de 2.5 si quieres una capacidad intermedia(160gb o 200gb), si como yo eres un maniático del silencio, y si no te importa pagar más por su equivalente en 3.5
-3.5 es mejor si la crisis te afecta

, saldra mucho más barato, tendra mejor rendimiento, pero depende del modelo vendrá con transformador, algún db de más y podras elegir la capacidad que necesites(80-1500gb)
Yo en el sobremesa de casa tengo montado uno de 2.5 de 120gb, el rendimiento es parecido al de antes(cuando tenia uno estandar), el ruido es nulo(fundamental para mí) y no me importo ponerlo a él en vez de uno de 500gb 3.5. El consumo y la capacidad me dan igual.
Si puedes pagarlo yo pondría uno de 2.5