Entre las dos, por sensor, la D5000. Pero si puedes gastar algo más, te recomendaría la D90.
Da los 12Mpx de la D90, pero los niveles de ruido, las prestaciones y la respuesta de la cámara no tienen nada que ver (la D90 con un 1.600 de ISO da unos niveles de ruido tan bajos que asustan). La D3000 tiene menos sensor, pero tambien proporciona algunas funciones que no tiene la 5000.
Ambas tienen una respuesta algo más lenta que la D90 tanto para almacenar imágenes en la tarjeta, usando la misma marca/modelo en ambos, y es menos agil que la segunda cuando la manejas navegando por los menues... y eso es algo que se agradece cuando tienes que hacer un ajuste en mitad de algo movido (léase, por ejemplo, fotos a los niños)
Ojo, que son cámaras muy, pero que muy buenas, dentro de lo que es "aficionado avanzado". La D90 no entra dentro de la gama profesional, por lagunas en la forma de controlar algunas cosas, y se queda en un territorio "aficionado avanzado"/"profesional bajo".
Por ejemplo, algo que me cabrea en poder cambiar cómodamente el punto de foco en la imagen como en la D300, que en esa se hace sin mirar y en la D90 es un poco coñazo (con perdón).
Por objetivo, los 18-55 que es lo que suelen traer un kit de Nikon no hace falta VR, aunque es aconsejable.
Con luz de dia o flash, a velocidades de 125 para arriba, o 90 con buen pulso, no se echa en falta. Pero si hay algo con poca luz, que te interese sacar con una ISO baja para no meter ruido en la imagen, hazte a la idea que sin trípode pesado no hay nada que hacer y más de una te saldrá movida incluso con trípode ligero (para entendernos, los que valen 90-100€ en cualquier sitio y pesan menos de 2Kg).
Ya en otras ópticas, sí hace falta. Por ejemplo, con un 70-300 que tengo en el maletín, es muy recomedable el VR. Este lo uso normalmente con una ISO 1000 y el obturador a 500, pero claro, lo tengo dedicado para cosas en movimiento: deportes, salidas al campo, fotografía de naturaleza diurna "cazando bichitos",...
Por otro lado, está lo que preguntabas del precio.
Los VR son más caros, algo lógico porque llevan otro grupo de motores para mover las lentes y estabilizar la imagen.
Un Tamron 70-300 sin VR te puede salir por los 200€ aproximadamente, mientras que el estabilizado (con VR) se pone en torno a los 350€.
Si te puedo aclarar algo más... aqui me tienes.