El formato de que hablas es "fat32" que es al que te pasa apple cuando seleccionas "windows" para formatear y lo de los 4 gigas se refiere a un único archivo que tenga mas de ese tamaño(un DVD comprimido por ejemplo), el formato de apple HFS no tiene esas limitaciones.
Yo para evitar problemas y compra de cables añadí un segundo "sistema operativo" de forma que pueda seguir usando el IPOD como reproductor de música sin las limitaciones del original de apple, para quien le interese:
Rockbox - Open Source Jukebox Firmware