El WOL sirve para encender un equipo. Para eso, la tarjeta de red debe soportar WOL (casi todas hoy dia), y el equipo debe tener habilitado en la BIOS el soporte de encendido por WOL.
Eso funciona de la manera siguiente:
Cuando un equipo está apagado, no sabe de protocolos, IP's ni nada puesto que el sistema operativo no está "pirulando". Lo que si es conocido, es un dato (la MAC), que está grabado en la tarjeta y viene a ser como un número de serie. En Windows lo puedes sacar ejecutando un "ipconfig /all".
Por ejemplo, en el mio la MAC es 00:16:76:21:4C:0E
Lo que se hace para despertar un equipo es, desde otro, ejecutar un programa que envía un paquete de datos por la red que contiene la MAC. Al recibir la tarjeta ese paquete, es equivalente a pulsar el botón de encendido.
En Windows... ni idea. Hace años que no lo uso.
En Linux/Unix/*BSD hay un programa presente en casi todas las distros que se llama
etherwake. Símplemente se ejecuta etherwake 00:16:76:21:4C:0E, y arrancará el equipo.
A partir de ahí, el método para acceder al mismo para controlarlo remotamente (ssh, vnc, terminal server, citrix,...) es a gusto de cada uno.
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Actualizo: Acabo de encontrar en Google estos programas.
Este es un plugin para Active Directory,
http://www.specopssoft.com/products/specopsgpupdate/
Y este otro, pero sin necesidad de AD,
http://www.fusion-online.com.ar/es/products/wol/