En efecto, los inyectores son diferentes entre ambos motores aunque en principio el resto debería ser igual.
Deberás recodificar y reprogramar la centralita de tu coche a los nuevos inyectores, o cambiar los inyectores por los antiguos tuyos o poner la centralita del nuevo motor y codificarla para tu coche...
Y eso siempre que ambos motores fueran procedentes del mismo tipo de caja de cambios, que si uno es automático y el otro manual deberás mantener tu centralita y codificarla y programarla para los nuevos inyectores.
Todo esto suponiendo que el resto de periféricos del motor sean exactamente iguales entre ambos modelos y no se diferencien en nada (iguales egr, válvula de mariposa, Rail común y sensores de presión, etc)