Buenas!
Este verano arregle el peugeot 206 de mi mujer al que le pasaba lo mismo, le entraba agua por el agujero del techo de la antena. Si le pones silicona y se pasa unos días al sol en verano y después unos días al frío en invierno... cada año tendrás el mismo problema.
Buscate una junta de goma que sea fina y se la pones a la rosca de la base de la antena por el exterior del coche (si sobresale de la base de la antena, la recortas para que no quede fea) y la apretas bien con la tuerca por dentro.
Yo lo hice, no se nota nada y ya no hay gotera.
Saludos!