Particiones primarias están destinadas a ser particiones que albergan S.O. que necesitan arranque directo clásico por MBR (sin gestores de arranque).
Windows por ejemplo para evitar problemas, hay que instalarlo en una primaria, esa se marca como activa en la tabla de particiones (MBR, al inicio del disco) y así la BIOS pasa control a MBR, MBR sabe la particion activa, y carga el sector de arranque de esa partición que luego dará vida al arranque del S.O.
Sólo puede haber 4 particiones principales en cada disco duro, la MBR tradicional no soporta más de 4 particiones en total.
Para eso se inventaron las particiones extendidas.
Puedes tener 3 primarias y una extendida. Dentro de la extendida puedes tener un montón de unidades lógicas, así que ese límite del principio se ataja con esa "triquiñuela".
Hoy en día para datos es mejor hacer una extendida con una unidad lógica dentro. Una partición extendida de por sí no puede almacenar datos hasta que dentro de ella no se crea una unidad lógica, que digamos que al fin y al cabo es la partición, la unidad que ves en MI PC.
Puedes tener un XP en una primaria, que sería C: por ejemplo, de 30GB. Luego tener una extendida que dentro tiene 2 lógicas de 40GB y 60GB. Una sería D: y la otra E: respectivamente.
Datos mejor meterles extendidas y lógicas, así no son primarias activas y no son arrancables, no hay lios ni pitotes cuando instalas Windows, porque la ve extendida y lógica y no se dedica a meter cacharros de arranque ahí a menos que lo fuerces (que yo he visto, no sé como, pero he visto Windows instalados en una lógica, historias bizarras).