Al leer tu comentario de que uno lleva sensor doble y otro uno solo de temperatura ya me imagine que en realidad tu 20 es un M50 no M52. Y viendo el codigo motor que has puesto pues confirmado. Tienes un motor M50 con vanos y a pesar de que ya lleva electronica Siemens, no es la misma Siemens que montaron despues en los M52 y tiene tu 2.8.
No puedes estar mezclando cosas de uno y de otro. O pones el 2.8 con absolutamente toda la electronica del 2.0 o sino no te funcionará bien, de todas formas haciendo así el motor te funcionará y no dará fallos pero no le estaras sacando todo el potencial al 2.8. La admisión del 2.0 del M50 no la puedes poner en el 2.8, que entonces si te va a ir mal. No empieces a mezclar que no vas a sacar el swap adelante
Si quieres echarlo a andar pon el 2.8 con toda la electronica del 2.0. Si quieres hacer todo bien tendrás que poner el 2.8 con su electronica completa. Adaptar ese cableado de e39 que tienes o buscar un cableado de M52 E36 y te quedará todo como de serie.