Es lo mejor que puedes hacer. Los fabricantes con esa mierda de contaminar menos se inventaron la EGR, que lo que hace es volver a meter los gases ya quemados al motor. Así que es inevitable, sobre todo en coches que hacen mucha ciudad o que van a bajas rpm, que la valvula EGR y el colector de admisión se te llene de carbonilla. De hecho, no es la primera vez que limpio una valvula EGR y un colector de admisión en el que a penas entraba la punta del meñique de lo entaponado que estaba de carbonilla... Igual tu problema se debe a eso, puede que tenga tan cantidad de carbonilla que a penas "respire" el motor. Ahora bien, olvidate de echarle aditivos de limpieza al motor para limpiar la EGR (que los venden), eso solo se limpia sacándola y frotando con gasolina o KH7.
Supongo que la EGR de tu Toyota será electrónica, así que si la quieres anular debes conectar el coche a un ordenador. Aparte, se suele poner una chapa (hay chapas ya cortadas a las medidas de las EGR de cada fabricante, pues la gente es lo que hace; anular las EGR) para evitar que los gases de escape ya quemados vuelvan a pasar, pero entiendo que anulándola electronicamente es suficiente.
El coche sin la EGR tardará más en llegar a su temperatura de servicio (aunque por las zonas por donde te mueves no creo que sea mucho problema

) y aumentaría la "contaminación" del coche. Que no tiene nada que ver con pasar la prueba de opacidad de la ITV, la pasarías sin problema.
En cuanto a ventajas notarías mejor respuesta en bajas, pues la función de la EGR es volver a entrar los gases ya quemados al motor, esos gases no son ricos en oxigeno, por lo que la válvula solo se abre en bajas rpm. Cuando el motor necesita potencia, la válvula no se abre, y es cuando entra aire sin quemar al motor. Por eso los coches que siempre van a bajas rpm son los que tienen la valvula petada de carbonilla. A partir de las 2.000rpm la válvula permanece cerrada. Así que si te ponen valvula nueva o te la limpian (dando por hecho que ese es el problema) acuérdate de llevar el coche 'alegre', que no al corte como te dicen. Mientras lo lleves algo más del par máximo (en los diésel suele ser entre las 1.900 y 2.300rpm) es suficiente.