Vamos a ver, faltan muchos datos para poder valorar el caso.
Si tu coche lo peritó tu compañía quiere decir que ha sido por convenio CICOS por lo que es tu compañía la que paga la factura. Si quieres cambiar de taller has de comunicárselo a tu propia compañía y, a ser posible, que te faciliten una copia de la peritación para que el taller a donde lleves el coche la acepte,.. o no.
Los peritos normalmente recogen en los talleres presupuestos de reparación y valoran si estan en consonancia con los precios de mercado para despues dar su aprobación a dicho importe. Que el primer taller haya aceptado, por poner un ejemplo, 150 € por la reparación no quiere decir que el otro taller al que vayas tambien lo haga por ese dinero.