Si el coche lo compró tu amigo nuevo o bien a otra empresa, lo compraría con IVA. Esto es importante, si lo compró de segunda mano a un particular (no creo) la cosa sería distinta.
Con independencia del % de IVA que se haya deducido tu amigo (si es que se ha deducido algo, que debería ser el 50 % salvo que sea comercial), te tiene que vender, sí o sí o sí o sí o sí y así hasta el infinito, el coche con el 21 % de IVA. Indicando en la factura la base y el IVA.
Por ejemplo, si lo vende por un total de 30.000 €, la base sería 24.793,38 € + 5206,62 € de IVA. Tú le pagas los 30.000 €, coges las factura y el contrato de compraventa y lo pones a tu nombre pagando las tasas de tráfico. Necesitarás el impreso de Hacienda de tu Comunidad Autónoma y consignar que la operación no está sujeta a impuesto de transmisiones, porque: NO TIENES QUE PAGAR IMPUESTO DE TRANSMISIONES.
Si lo haces por gestoría pagarás los honorarios de la gestoría y las comentadas tasas de tráfico, nada más.
Luego tu amigo devolverá el % de IVA que en su momento se dedujese (lo normal es que sea el 50%) o hará lo que crea conveniente, cada uno es libre. Por ley debería devolver % que se haya desgravado en su momento; pero el %, no el total en valor absoluto de lo que se dedujo. Es decir, nuevo era más caro y el IVA era mayor, ahora es más barato y el IVA es menor. No hay más. Esto de cara al IVA, además de otras operaciones de contabilidad que a ti no te influyen, son cosa suya.
Resumen: si lo vende por 30.000 € le pagas esa cantidad, coges la factura y el contrato de compraventa y te vas a Hacienda de tu Comunidad Autónoma, consignas que la operación está exenta de impuesto de transmisiones y a tráfico a pagar los 90 y pico € y para casa.