No son lo mismo, por lo menos en mi coche no eran lo mismo, porque con estos ya no sabes lo que hay o no hay. Pero creo que es en todos igual.
El interfaz Ipod va en la guantera y solo vale para pinchar un Ipod, te viene directamente la terminación de éste, por lo que no vale para nada más. Y el interfaz USB/Audio va, como tu bien dices, al lado de la toma Aux y tambien puedes pinchar el Ipod pero necesitas el cable especial en Y (que es el que te conecta el Ipod al USB y al Aux), pero te vale para cualquier pendrive y para algún que otro disco duro, por lo que es más práctico en mi opinión (es lo que yo reequipe).
Decir también que con el interfaz del Ipod no se cómo se escuchará, pero en el USB de pinchar un pendrive o HDD a pinchar el Ipod, éste último pierde calidad respecto a los primeros. Por lo que yo siempre recomiendo el USB porque puedes pinchar más cosas, pero si sólo y exclusivamente se va a utilizar con el Ipod quizás se escuche mejor por su interfaz que por el USB (que hablen aquí quien lo tenga porque yo no lo he probado en su interfaz).
De todas formas echad un vistazo los que os interese este tema al siguiente post, que hay mucha info interesante:
http://www.bmwfaq.com/f65/review-opcion-entrada-usb-06fl-243345/
No seais gandules y leedlo entero que es largo pero hay buena info


(hay muchas respuestas que se pueden ir saltando)
En el post 141 comento yo mi experiencia con esta interfaz (la USB/Audio)