Te has convertido en un experto de los alternadores, jeje estupenda reparación, y lo mejor el gustazo de hacértelo tu mismo.
Cuando la necesidad obliga, uno aprende lo que haga falta. También ayuda que te guste el bricolaje, tengas experiencia soldando cables y te guste desmontar/montar cacharros. Por supuesto, es una satisfacción ahorrarte entre 250 y 300€ (el alternador de mi coche es más caro que el de otros E46).
En cuanto a lo de que te cueste trabajo arrancar, no lo entiendo.
En principio yo pienso que lo que importa en el momento del arranque es que la batería tenga suficiente carga, no de que el alternador esté bien.
Por ejemplo, cuando mi alternador falló definitivamente, el coche arrancaba sin problemas porque la batería estaba cargada. Tras arrancar, lo paraba inmediatamente para no que no se descargase, y el coche volvía a arrancar otra vez perfectamente.
Yo revisaría el menú oculto nº 9 mientras circulas con él un buen rato para verificar que el valor se mantiene en torno a los 14V. Por debajo de 13,5 podría ser que la batería no recibiera suficiente carga. No lo sé, es una idea.