Ahí, ahí. Provocando
La pregunta es interesante. La respuesta compleja. Intentar zanjarlo con un solo modelo es una simplificación muy burda y "peligrosa".
Bajo mi punto de vista todas las series 3 tienen su encanto aunque algunas me llaman más que otras. Lo que no tengo claro es que ninguna de ellas despunte en todos los apartados sobre el resto. Sí, el F30 en conjunto es el más potente, rápido, cómodo, fácil de llevar a gran velocidad, eficiente pero... también es el más moderno con todas las implicaciones que tiene esto en el sentido negativo, fundamentalmente complejidad mecánica/electrónica y caducidad de sus componentes.
Voy a repasar bajo mi criterio las gamas.
El E21 es el pionero. En su contexto era todo un puñetazo sobre la mesa porque con su 323i fue el primero en atreverse a meter un potente 6 cilindros en línea bajo una carrocería compacta. Mercedes no tenía carrocería equivalente en esa fecha y el resto de la competencia se conformaba con 4 cilindros, generalmente de carburación y de poco más de 2 litros. En calidades no podemos pedir milagros pues los aceros de esa época eran los que eran y sobre todo las carrocerías envejecen mal si no han estado muy protegidas de la lluvia, salitre y barro. Los motores no eran malos pero tampoco tenían las técnicas más fiables posibles pues empleaban inyecciones muy veteranas y encendidos con distribuidores que siempre dan la lata a largo plazo. Los motores (camisas, pistones) entiendo que también sufrían desgastes a largo plazo aunque mucho menores que en la competencia.
El E30 es la actualización del E21. La chapa parece ser algo mejor y los motores evolucionan. Posiblemente en calidad general de fabricación sea uno de los mejores sino el mejor pues se hizo en la época dorada del "Made in West Germany" y en esa época no andábamos con tonterías como usar componentes VALEO

Particularmente las versiones 323i-325i me parecen muy interesantes aunque creo que estéticamente era mucho más interesante el E21, sobre todo por su trasera más coupé.
El E36 es un salto evolutivo muy grande. Por dos motivos. En primer lugar se trata del primer serie 3 realmente aerodinámico con unos valores de SCx que aún hoy son buenos. En segundo lugar por que emplea el primer eje posterior de la marca que no requiere ser fino con el volante para poder rodar ágil sin sustos (heredado del minoritario Z1). En fiabilidad posiblemente sea el mejor de todas las series ya que llega en una época de tecnología de materiales muy buena y esto se combina con unas soluciones técnicas relativamente sencillas. Concretamente las primeras versiones 320i-325i de motor M50 sin VANOS pueden presumir de llevar uno de los motores térmicos más duraderos y fiables de todos los tiempos (incluyendo todas las marcas) pues combinan materiales muy robustos con una técnica limpia y depurada y sin grandes complicaciones. No tienen carburador, no tienen distribuidor, las bobinas de encendido son de muy buena calidad, la inyección es electrónica indirecta con caudalímetro de hilo caliente, no llevan variadores de fase ni admisiones variables... prácticamente no hay nada que se pueda averiar salvo las bombas de agua y los sensores de posición que son siempre averías baratas y limpias.
El E46 es el rediseño profundo del E36 tanto estética como mecánicamente. Todo se hace más eficiente, mejora bastante la seguridad pasiva (algo menos la activa), el chasis tiene un nivel de rigidez bastante bueno ya (los anteriores serie 3 no eran muy robustos en ese aspecto) y el coche tiene un equilibrio general muy convincente pues combina unas aptitudes como berlina bastante decentes, salvo el espacio en plazas posteriores que no destaca, con unas dotes velocísticas notables. Como contraprestación respecto a series anteriores se abunda en el uso de materiales reciclables y revestimientos baratos y por tanto de envejecimiento de ciertas piezas es muy discutible. El acabado interior puede ser mejor que el de un E36 en términos de crujidos y ajustes entre elementos (ayudado por la mayor rigidez del chasis que siempre ayuda a evitar grillos) pero es bastante peor en términos de acabados superficiales de ciertas piezas como tiradores de puertas, tapas del cenicero etc etc (esas superficies que se pelan y que quedan horribles). Los motores si bien son evoluciones de los anteriores en casi todas las versiones, ya empiezan a ser más complicados teniendo doble VANOS en el caso de los 6 cilindros, sondas lambda post catalizadores, DISA y otros elementos que siempre son más susceptibles de fallo que cuando no existen. Como conjunto creo que los 328i-330i E46 son, en cualquiera de sus carrocerías, de los serie 3 más equilibrados de todos los tiempos.
El E90 vuelve a ser un modelo rupturista. Partiendo de una base ya francamente buena, el E46, había que mejorar todo lo posible. Y eso no es nada sencillo. También hay que ser conscientes de que estamos ya plenamente inmersos en el siglo XXI y hay que ir a la moda (ojalá no). Esto significa más cartones, más plásticos ligeritos, más remaches y menos tornillos, más reciclaje, menos posibilidad de manipular la mecánica sin complejas herramientas informáticas... El coche mejora en casi todo pero diría que la calidad de fabricación empieza a resentirse y ya parecen coches más de "juguete" que las generaciones anteriores. Hasta esa época parecía que BMW fabricaba coches para que los comprase un señor, les sacase 15 años de vida y luego su hijo o su nieto o un segundo propietario les sacase otros 10 a plena satisfacción y sin grandes problemas. Con los E90-E60-E65 etc ya tengo la sensación de que son más coches para que los compre una empresa con un leasing-renting, se utilicen a placer durante 4-6 años... y el que venga detrás que reme y lidie con lo que vaya saliendo que puede ser nada o casi nada, pero también puede haber mucha operación seria pues ya son mecánicas muy complejas asociadas habitualmente a cambios automáticos etc. En cuanto a la experiencia al volante diría que ya entramos en un terreno de videojuego y muchas veces los mandos son menos naturales que en versiones anteriores, concretamente las direcciones.
Del F30 voy a decir poco porque es una generación que apenas conozco pero creo que es la segunda parte del E90 con todo lo que esto supone. Otra vuelta de tuerca en la eficiencia para bien y para mal y una aproximación cada vez más cercana al resto de fabricantes salvo por la tracción trasera.
En resumen creo que las primeras seis generaciones se podrían dividir en tres. La del E21-30, la del E36-46 y la del E90-F30. Cada cual con sus pros y contras.
Si me pedís escoger, a mi dadme un E36-E46-E92 siempre con motor de 6 cilindros y gasolina. Y a rodar

Aunque si me dais un 435i (para mi no deja de ser un serie 3) tampoco voy a protestar